连锁分析芯片是进行疾病连锁分析的最佳工具，可以从家系基因型表现型和单基因型连锁不平衡中发现连锁关系。人类连锁分析芯片实验表明其成功率为99.8%，重复性>99.9%。

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大鼠全转录本表达谱芯片，约有4个探针来针对每个外显子 / 约有40个探针来针对每个基因，覆盖经验性及预测的外显子序列，约850000个外显子。可用于基因表达和可变剪切分析。

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