国家卫生和计划生育委员会2013年4月3日公布了《人感染H7N9禽流感医院感染预防与控制技术指南（2013年版）》和《人感染H7N9禽流感诊疗方案（2013年第1版）》，方案规定了人感染H7N9禽流感病原学检测方案采用核酸检测的方法： “核酸检测。对患者呼吸道标本(如鼻咽分泌物、口腔含漱液、气管吸出物或呼吸道上皮细胞采用实时荧光定量PCR即real time PCR(或RT-PCR)检测到H7N9禽流感病毒核酸。”
方案中同时规定了人感染H7N9禽流感诊断与鉴别诊断方法：
诊断标准：
(1)疑似病例：符合临床症状及血常规、生化及胸部影像学特征的，甲型流感病毒通用引物阳性并排除了季节性流感，可以有流行病学接触史。
(2)确诊病例：符合疑似病例诊断标准，并且呼吸道分泌物标本中分离出H7N9禽流感病毒或H7N9禽流感病毒核酸检测阳性。重症病例：肺炎合并呼吸功能衰竭或其他器官功能衰竭者为重症病例。
鉴别诊断：
应注意与人感染高致病性H5N1禽流感、季节性流感（含甲型H1N1流感）、细菌性肺炎、传染性非典型肺炎（SARS）、新型冠状病毒肺炎、腺病毒肺炎、衣原体肺炎、支原体肺炎等疾病进行鉴别诊断。鉴别诊断主要依靠病原学检查。
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